Zielnik należy do mniejszych herbariów w Polsce. Jego ważność naukową podnosi kolekcja zbiorów XIX-wiecznych przyrodników niemieckich, pochodząca głównie z Muzeum Przyrodniczego w Gdańsku, która została uratowana od zniszczenia (porozbijane przez "poszukiwaczy skarbów" skrzynie z zielnikiem, książkami oraz innymi okazami przyrodniczymi - botanicznymi i zoologicznymi) w 1945 roku przez pracowników UMK - porzucona w okolicy Świecia nad Wisłą w trakcie ewakuacji do Niemiec.

Jesteśmy posiadaczami zbiorów poniemieckich, w większości XIX-wiecznych, które należą do unikatowych w Polsce, gdyż pochodzą głównie z obszarów Pomorza Zachodniego i Wschodniego. Posiadamy zbiory takich przyrodników jak: H. Conwentz, M. E. Grütter, F. Kalmuss, E. Koehne (zbiory dendrologiczne), C. F. von :Ludwig, F. Spribille (autorska kolekcja Rubus) i inni. Szczególnie cenne są arkusze zawierające materiał ze stanowisk wyznaczonych przez autorów opisów nowych gatunków (locus classicus), głównie paratypów.

W Zielniku zdeponowane są zbiory ofiarowane przez emerytowanych profesorów UMK: M. Ceynowa-Giełdon, K. Kępczyński, M. Rejewski, J. Wilkoń-Michalska, J. Zabłocki, A. Zielski oraz przez Instytut Dendrologiczny PAN z Kórnika. Znajdują się tutaj zbiory dr M. i U. Boińskich (głównie z Borów Tucholskich), kolekcja spitsbergeńska porostów, mszaków i roślin naczyniowych zebranych przez mgr E. Adamską, prof. W. Gugnacką-Fiedor, dr B. Noryśkiewicz i mgr P. Zubla. Posiadamy, podobnie jak inne polskie zielniki, materiał z wymiany prowadzonej intensywnie w minionych latach przez czołowe polskie uniwersytety oraz Instytut Botaniki PAN im. W. Szafera. W latach 1974-1980 rozpoczęliśmy wymianę zebranych przez nas materiałów z zielnikami polskimi (8 ośrodków) i zagranicznymi (12 ośrodków, w tym głównie europejskimi; pojedyncze na pozostałych kontynentach: Afryka, Ameryka Północna, Australia). W następnych latach, z powodu trudności finansowych, wymiana została zawieszona.

Każdego roku wypożyczamy wielokrotnie zbiory zielnikowe do wszystkich ośrodków naukowych w kraju lub umożliwiamy ich wykorzystanie na miejscu. Wypożyczamy również materiały zielnikowe na wystawy oraz na niektóre zajęcia dydaktyczne. Niestety, dość często mamy kłopoty z odzyskaniem wypożyczonych zbiorów.

Zielnik Instytutu Ekologii i Ochrony Środowiska znajduje się w nowym budynku pod tym samym adresem (ul. Gagarina 9, wejście od ulicy Wileńskiej). Regały przesuwne w nowym pomieszczeniu wykonała i zamontowała firma "Rolmot" z Ciepielowa.

W 2006 r. Fundacja na rzecz Nauki Polskiej w ramach ogólnopolskiego konkursu BIOS, przeznaczonego na ratowanie od zniszczeń kolekcji przyrodniczych, przyznała nam kwotę 50 000 zł na modernizację Zielnika. Za tę sumę zakupiliśmy 1000 pudeł tekturowych dużych (na rośliny naczyniowe) oraz 500 małych (na mszaki i porosty).