W obecnym kształcie Wydział Biologii i Nauk o Ziemi istnieje od 1951 r. Wcześniej nauki biologiczne i geograficzne wchodziły w skład Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego, który został utworzony w 1945 r. w momencie powołania do życia Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Współorganizatorem i pierwszym Dziekanem Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego był Prof. dr Jan Pruffer.

W 1951 r. z Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego został wyodrębniony Wydział Biologii i Nauk o Ziemi. Jego pierwszym dziekanem został Prof. dr Henryk Szarski. W obrębie Wydziału istniały dwa Instytuty: Biologii i Geografii.

W 1973 r., po wybudowaniu nowego gmachu na Osiedlu Akademickim Bielany, na Wydziale utworzono Muzeum Przyrodnicze.

W latach 90-tych nastąpiły dalsze zmiany na Wydziale:

• 21.06.1994 r. Instytut Biologii zmienił nazwę na Instytut Biologii i Ochrony Środowiska,
• 01.01.1998 r. IBiOŚ zostaje przkształcony w dwa Instytuty: Biologii Ogólnej i Molekularnej oraz Ekologii i Ochrony Środowiska.